首先，在当时的情况下，南美大陆还不存在一个可以与玛雅对抗的强大民族，因此，外族侵犯之说就站不住脚 。气象专家几经努力，仍然拿不出公元8世纪至9世纪间，南美大陆有过灾难性气候骤变的证据，同样，玛雅人那些雄伟的石构建筑，有些已倒塌，但仍有不少历经千年风雨却依然保存完整，因此地震灾难之说可以排除 。至于瘟疫流行问题，看来很有可能 。然而，在玛雅人盘踞的上万平方公里的版图内，要大规模地流行一场瘟疫，这种可能性是很小的 。再说玛雅人的整体迁移，先后共历时百年之久，一场突发性的大瘟疫，绝无可能耗时如此长久 。
对于玛雅人的消亡之谜，美国的艾力克和哥雷克两兄弟提出了另一个惊人的说法玛雅人是外星人，因为在一个星球遇到致命的灾难，而逃离到地球 。
玛雅文化的神秘消失是由外星人运用大型太空船集中人力、物力进行突击性的运送来完成的星球大转移 。太空船把绝大多数玛雅人运送到外星球后，只有极少数人留守 。当这些留守者眼睁睁地看着自己的亲人离家而去、迁往遥远的新天地时，就会注视着天空，发出“啊咿啊咿” 的叫喊，似乎在向运送他们亲人的太空船叫道：“等一等呀，带着我啊!”这个猜测倒是与出土文物上玛雅人仰天呼号的形象颇为合拍 。根据玛雅人神秘的生活方式和奇诡的科学成就，认为是一种有计划、有目的、有步骤、有安排的向外星球的移民行动，似乎也有一定的合理性 。
根据有关资料，有的学者认为，在大西洋中曾有一个大西洲，它经济繁荣，文化发达，可在1万年前的某一天，它一夜之间沉入了大海，毁灭了 。翻开地图我们发现，大西洲的位置离犹卡坦半岛很近 。德国科学家莫克认为，玛雅人在公元前8499年6月5日13时开始了他们的新纪元 。
在玛雅人中流传着这样一句话“世界由5个太阳主宰，一个太阳代表一个纪元” 。所以我们认为，若以上材料是真实可靠的话，那么，也许玛雅人会是幸存的大西洲人和美洲当地人的后代，他们深知祖先的毁灭，他们认为在公元后的某一天，又一个纪元将灭亡，所以集体向北迁移，并在之后的某一天，集体跳入大西洋，逃避世界的灭亡，当然，这一说法还有待论证 。
20世纪80年代末，一支包括考古学家、动物学家和营养学家在内的共45名学者组成的多学科考察队，踏遍了即使是盗墓贼也不敢轻易涉足的，常有美洲虎和响尾蛇出没的危地马拉佩藤雨林地区，用了六年时间对约二百多处玛雅文明遗址进行了考察，结论是：玛雅文明是因争夺财富及权势的血腥内战，自相残杀而毁灭的 。这些学者认为，玛雅人并非是传说中那样热爱和平的民族，相反，在公元300年至700年这个全盛期，毗邻城邦的玛雅贵族们一直在进行着恐怖的争权夺利的战争：战卒们用矛和棒作兵器，袭击其他城市，其目的是抓获俘虏，并把他们交给己方祭司，作为向神献祭的礼品 。这种祭祀正是玛雅社会崇拜神灵的标志 。
玛雅社会一度相当繁荣，农业、手工业以及商业贸易都非常发达，但自公元7世纪中期开始，玛雅社会衰落了 。战争永无休止，生灵涂炭，贸易中断，城毁乡灭，最后只有10%的人幸存下来 。公元761年，杜斯·彼拉斯城的王宫覆灭可视为玛雅社会衰落的一个起点 。杜斯·彼拉斯是方圆1500英里内的中心城邦 。它遭到从邻近托玛瑞弟托城来的敌人的攻击，随后是斩草除根的大屠杀 。胜利者举行了“终结典礼”，砸烂了王座、神庙和刻板 。一些贵族逃到附近的阿瓜迪卡城——这是一个巨大裂缝环绕的天然要塞 。他们在那里苟延残喘了40年，最后还是遭到灭顶之灾 。
公元800年，阿迪卡已是一座鬼城 。公元820年以后，玛雅人舍弃了这片千年间建立了无数城市的佩藤雨林，再也没有返回这片文明的发源地 。据科学家最新研究显示，促使玛雅文明失落的罪魁祸首可能是干旱，而且这种干旱具有某种时间规律性，与太阳活动的周期有关 。太阳活动的周期事实上变动的幅度大约仅有百分之一，但却足以造成玛雅文明的心脏地带—— 尤卡坦半岛严重的干旱发生 。
从来自北尤卡坦奇强卡纳普湖采集而来的沉积物中，研究者发现高浓度硫酸钙沉积层周而复始地出现，硫酸钙的成因是大量的水分从地表蒸发后而留下的，相隔的时间大约为200年，也就是说大约200年左右尤卡坦半岛上会出现一次严重的干旱，这与目前已知的太阳活动的周期长度为206年非常吻合 。科学家在研究过程中，将玛雅文明的发展与太阳活动的周期一起比较发现，每次遇到干旱发生玛雅社会文明的发展便有趋缓的现象 。而玛雅人又是非常依赖降雨以及地表水源生活的，长期严重的干旱足以使他们的文明中断玛雅人并最终只能走向灭亡 。
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