古文献记载并没有解决十二生肖的文化源头问题 。南宋理学大家朱熹曾向大弟子蔡元定询问，”十二相鼠，起于何时，首见何书?”蔡元定膛日结舌，不知如何作答 。事实上，古今学者对此问题，一直是众说纷纭 。[5]
二八星宿说：古人将黄道与赤道附近的恒星分为二十八个星座，即“二十八星宿” 。二十八宿也分别代表一种动物 。中国古代有十二辰之说，将周天等分为十二分，用十二支来表示，而十二支又有生肖属配，有人认为生肖与二十八星宿存在对应关系 。[6] 明代大学士王鏊认为，以二十八种动物配属二十八星宿，并“以七曜统之”，所成“女土蝠，虚日鼠，危月燕，子也”的格局，是十二生肖的起源 。[6] 清代李长卿在《松霞馆赘言》认为，二十八宿配动物“即前十二属加一倍者也“，“亢金龙，辰官也，角木蛟附焉 。蛟，龙类也”的句式，也体现十二生肖作为基础，凑齐二十八种星宿动物 。[6] 但该说难免有附会成分，因为二十八星宿配动物的记载要晚于十二生肖的记载 。
岁星说：木星在黄道上运行，每十二年为一周天，只要看木星所处的位置，便可确定年度的支序 。按照《玉函山房辑佚书》记载，每十二年中，“三岁穰，三岁毁，三岁康，三岁旱”，即三年风调雨顺，三年水灾，三年风调雨顺，三年旱灾 。还有一种说法是“天下六岁一穰，六岁一康，几十二岁一饥” 。[5] 人们又进而研究出在不同年份造成地球上某种动物适宜的环境 。例如，“子年、丑年风调雨顺，植物霸茂，适合鼠、牛的生长，随后水灾多，正适合于水族类代表龙和蛇的生长；接着又是风调雨顺，草木茂盛，适合于食草的马和羊的生长；然后开始干旱，昆虫类增加，适合于鸟类的代表鸡的生长；干旱严重后，杂食类动物为狗和猪等仍能适应 。”并认为，“如果不同年份出生的人能够模仿当年适于生长的动物，便有益于他的成长 。”而这些动物便成为他的生肖动物，并以此推定各种动物的兴衰与木星年有关，十二生肖、十二辰、十二地支三者是统一的 。[7]
我国古籍中记载，古代的中原地区，最初使用的是“干支纪年法” 。同时，也有采用地支配合十二种动物来简单纪年 。到隋朝时中原历法传至中国西北地区的游牧民族，他们在历法的纪年上仅吸收了十二种动物纪年法 。因此才有《唐书》中记载：“黠戛斯国以十二物纪年，如岁在寅，则曰虎年” 。另外，《宋史·吐蕃传》中也记载说，吐蕃首领在叙事时，以物纪年，所谓“道旧事则数十二辰属日，兔年如此，马年如此” 。正像清代赵翼在《陔余丛考》中指出的那样，“盖北俗初无所谓子丑寅卯之十二辰，但以鼠牛虎兔之类分纪岁时，浸寻流传于中国，遂相沿不废耳” 。这种关于12生肖来历的解释，已经被许多人认可 。
另外，关于12生肖来历的说法还有：洪巽的《阳谷漫录》中说，12地支中位居奇数者，以动物的指或蹄也为奇数相配，如子位居首位，与它相配的鼠为5指，地支中居偶数位的，则取相属之偶数以为名，如牛与丑相配，为4爪 。
明朝叶世杰在《草木子》中，把12生肖的来历解释为：术家以12肖配12辰，每肖各有不足之形焉，如鼠无齿（无磨牙）、牛无牙（无尖牙）、虎无脾、兔无唇、龙无耳、蛇无足、马无胆、羊无瞳、猴无臀、鸡无胃、犬无胰、猪无眉、人则无不足” 。它们最大特点都看不到眉毛 。
明朝大学者胡俨撰写的十二生肖诗，不仅依次嵌入生肖名，而且一名一典，颇有情趣 。诗云：鼷鼠饮河河不干，牛女长年相见难 。赤手南山缚猛虎，月中取兔天漫漫 。骊龙有珠常不睡，画蛇添足适为累 。老马何曾有角生，羝羊触藩徒忿嚏 。莫笑楚人冠沐猴，祝鸡空自老林邱 。舞阳屠狗沛中市，平津放豕海东头 。首句“鼷鼠”即水鼠 。二句的“牛女”即民间牛郎织女的传说 。五句的“骊龙”是龙的一个种类，其颏下有宝珠一颗，故谓之骊龙 。八句的“羝羊”即公羊，“触藩”指羊角触篱笆 。十一句的“舞阳”指汉高祖刘邦封名将樊哙为舞阳侯，他曾在江苏沛县以宰狗为生 。最后一句是指汉武帝丞相公孙弘，当年曾在东海放过猪 。
清代刘献《广阳杂记》引李长卿《松霞馆赘言》：“子何以属鼠也？曰：天开于子
十二生肖虎
，不耗则其气不开 。鼠，耗虫也 。于是夜尚未央，正鼠得令之候，故子属鼠 。地辟于丑，而牛则开地之物也，故丑属牛 。人生于寅，有生则有杀 。杀人者，虎也，又寅者，畏也 。可畏莫若虎，故寅属虎 。犯者，日出之候 。日本离体，而中含太阴玉兔之精，故犯属兔 。辰者，三月之卦，正群龙行雨之时，故辰属龙 。巳者，四月之卦，于时草茂，而蛇得其所 。又，巳时蛇不上道，故属蛇 。午者，阳极而一阴甫生 。马者，至健而不离地，阴类也，故午属马 。羊啮未时之草而茁，故未属羊 。申时，日落而猿啼，且伸臂也，譬之气数，将乱则狂作横行，故申属猴 。本者，月出之时，月本坎体，而中含水量太阳金鸡之精，故本属鸡 。于核中，猪则饮食之外无一所知，故亥属猪 。”文中明确指出：寅月为虎，是一月；辰月是龙，即三月等等 。[8]
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