唐太宗闻言大喜，对孙思邈说道：“孙先生果真医理精深，妙手回春，确实是当代名医！今日医好中宫疾病，生了皇子，要算奇功一件，寡人有心留你在朝执掌太医院，不知你意下如何？”
孙思邈不愿在朝为官，立志漂泊四方为广大人民群众舍药治病，并撰写《千金方》济世活人 。于是他向太宗陈述了自己的志愿，婉言谢绝了太宗赐给的官位 。太宗听了，也就不好强求挽留 。赐给他“冲天冠”一顶、“赫黄袍”一件、金牌一面、良马一匹和千两黄金、绸缎百尺 。并大摆宴席，一来欢送孙思邈，二来庆贺皇后病愈生下皇子 。但孙思邈又拒绝了太宗赐给的黄金绸缎 。唐太宗深为孙思邈的高尚品德和为人处事的精神风貌所感动，同文武百官将他送出皇城，任他去名山大川采集药材，为黎民百姓救死扶伤，任何人不得阻拦 。
唐太宗十分欣赏孙思邈，后来还曾亲临华原县五台山去拜访孙思邈，并赐他颂词一首 。直到现在，药王山南庵内还留有唐太宗御道、“拜真台”、“唐太宗赐真人颂”古碑一通等 。
孙思邈养生理论
唐朝邓王李元裕，是唐高祖的第十八位儿子，喜欢学习，擅长谈论辨名析理之学，典签卢照邻是他的布衣朋友，他经常声称，说："我的命相就这样了 。"卢照邻是范阳人，任新都尉，因为患有难医治的疾病，他住在阳翟的具茨山，编着并注释《疾文》和《五悲》 。卢照邻性情高雅颇具诗人风度，不料后来竟投颍水自杀身亡 。卢照邻曾居住在景城鄱阳公主废弃的府第中 。显庆三年时，唐高宗召见太白山隐士孙思邈，当时孙思邈也住在这里 。孙思邈是华原人，当年已经九十多岁了，但是他的视力和听力都一点没有减弱 。卢照邻见到孙思邈后伤感自己正在壮年，却疾病缠身，久治不愈，终日里困顿疲备，于是作《蒺藜树赋》，用来伤悼他与孙思邈二人之间承受自然的体质的差异 。卢照邻作的赋，词句极其美丽 。孙思邈会算天象历法和摄生养性之术 。卢照邻和当时的名士宋令文、孟诜都用对老师的礼节待孙思邈 。他们曾问孙思邈，说："名医能治好病，是根据什么道理呢？"孙思邈说："我听说通晓天的人，一定能在人的身上找到它的本体，熟悉人的人一定是以天为本体，所以天有春、夏、秋、冬和金、木、水、火、土 。黑天、白日轮流更替，寒冬暑夏交换更迭，这是大自然在运动 。自然界中的大气，合起来就成为雨，流动的时候就成为风，散发开去的时候就成为露，紊乱无序时就成为雾，凝聚时就成为霜雪，伸展扩大成为虹霓，这是大自然的正常规律 。人体有四肢和五脏，醒着、睡时，呼出吸进，吐故纳新，精脉和气血循环 。流动就是血气循环，显现出来就是人的气色，放出来的就成为声音，这是人体的正常运动 。阳用它的精华，阴用它的形体，这是天与人相同的，及至它违背了这正常规律就要生病了 。蒸就发热，不然就生寒，淤结就成为瘤赘，阻隔就成为痈疽，奔走过疾，就气喘嘘嘘用尽了精力，就会焦枯，根据表面的诊断，可以检查出身体内部的变化 。从人体类比自然界也是这样 。因此金、木、水、火、土的伸屈变化，星辰运行中出现的差错，日蚀、月蚀现象，彗星的陨落，这是自然界的危险的征兆！寒暑颠倒，这就是外界的冷热失常啊 。石头竖起 。泥土跳跃，这是自然界的瘤赘啊 。山崩地陷，这是自然界的痈疽 。急风暴雨，这是自界的喘乏 。不降雨露，河流、湖泽干涸，这是大自然的焦枯啊！良医用药物进行输导，用针灸治病救人；圣明的人用高尚的道德和善于用贤任能来治理天下 。所以身体有可以消除的疾病，天有可以去掉的灾害，这全都是气数啊！"卢照邻说："人世间的事情怎么样呢？"孙思邈说："胆要大，心要小；智虑要圆通，行为要方正不苟 。"照邻说："怎么讲呢？"思邈说："心是五脏的元首，它应该遵循规律办事，所以要谨慎 。胆是五脏的将领，它必须坚决果断，所以胆要大 。有智慧的人行动如同天，所以要圆通，仁义的人沉静如同地，所以要方正不苟 。《诗经》说，'好象走到了深渊的边缘，仿佛踩在薄薄的冰层之上，是小心 。威武雄壮的武士，保卫着三公九卿，是大胆 。'《传》说'不因为有利可图就返回去；不因为行仁施义就悔疚，就是仁义的人的方正不苟 。'《易经》说'遇到机会就要立刻去做，不能整天地等待，这就是明智人的圆通 。'"卢照邻又问："养性的道理，最重要的是什么呢？"孙思邈说："天有满有亏，人世间的事情有许多艰难和困苦 。如果不谨慎行事而能从危难中解脱出来的人，从来也没有过 。所以讲求养性的人，自己首先要懂得谨慎 。自己谨慎的人，长期以忧畏为根本 。《经》说，'人不畏惧灾祸，天就要降灾难给你 。'忧畏，是生死的通路，存亡的因由，祸福的根本，吉凶的源头 。所以读书人无忧畏，仁义就不存在；种田的人无忧畏，粮食就不能增产；做工的人无忧畏，就没有可以遵循的标准和法则；做买卖的人无忧畏，经营就不能盈利；当儿子的无忧畏，孝敬父母亲就不至诚；做父亲的无忧畏，慈爱就不执着；为人臣子的无忧畏，就不能建功立勋；身为君王的无忧畏，国家就不会安定，因此养性的人，失掉了忧畏就心思紊乱没有条理，行为焦燥，难以自持，神散气越，意迷志摇 。应该活着的却死了，应该存在的却消亡了，应该成功的却失败了，应该吉利的却遇凶险 。啊忧畏就象水与火一样，一会儿也不能忘掉它呀！人无忧畏，子弟就会成为你的强敌；妻妾变成你的仇寇 。因此，最重要的是畏道，然后是畏天，其次是畏物，再次是畏人，最后是畏你自身 。你不忘忧畏，就不被别人限制，自己永记忧畏就不受别人管束 。在小的事情上谨慎，就不怕大的挫折；戒惧眼前忧虑，就不害怕以后的磨难 。能懂得这些道理的人 。在水中航船，蛟龙不能害你，在路上行走，老虎、犀牛这些雄猛的动物都不会伤着你；各种兵器也碰不到你；各种疾病、瘟疫也传染不上你；爱说别人坏话的人也毁谤不了你；有毒的蜂、蝎也螫不到你 。了解这个道理的人，人世间的一切事情就全明白了 。"不久，孙思邈被授予承务郎，执掌药局事务 。孙思邈在唐高宋永淳初年去逝，留下遗嘱：要薄葬，不要焚烧那些纸扎的阴间器物，祭祀时不宰杀性畜 。他死后一个多月，颜色还和活着的时候一样，当抬他的尸体放入棺中时，给人的感觉就象抬的是空衣服一样 。孙思邈一生撰写《千金方》三十卷，传给后代 。
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